Svikt i koaguleringstrinnet vil også kunne gi problemer for påfølgende desinfeksjon og annen vannbehandling.
Likeledes vil rester av partikler og fellingskjemikalier som ikke fjernes i tilstrekkelig grad i filteret, gi økt sedimentasjon i ledningsnettet (økt behov for spyling). Følgelig er god og stabil drift av koaguleringstrinnet svært viktig.
Drift av hvert enkelt koaguleringsanlegg må optimaliseres utfra forutsetningene til anlegget. En grundig beskrivelse av drift og optimalisering finnes i Norsk Vanns rapport 188 Veiledning for drift av koaguleringsanlegg og rapport 189 Håndbok for driftsoptimalisering av koaguleringsanlegg. Alle som arbeider med slike anlegg bør sette seg inn i disse rapportene.
En ny kortfattet veileder for design og drift av koaguleringsanlegg er under utarbeidelse. Denne planlegges ferdig i løpet av 2026 og vil også inkludere ny kunnskap og anbefalinger fra FoU-prosjektene BARRiNOR (om hygieniske barrierer) og SLAMiNOR (om håndtering av slam og returstrømmer). Disse prosjektene ble gjennomført i 2019-2024 som et spleiselag mellom Norsk Vann og 10 norske- og et skotsk vannverk.
Som beskrevet over er koagulering en hygienisk barriere. Dimensjonering av hygieniske barrierer er beskrevet i Norsk Vanns rapportserie om god desinfeksjonspraksis, som nå har endret navn til «mikrobiell barriere analyse» – MBA. Rapport 209 Veiledning i mikrobiell barriere analyse, bør leses for å få en helhetlig forståelse av tenkningen knyttet til hygieniske barrierer.